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Les protéines virales E1 et E2 sont nécessaires à la réplication de l’épisome du VPH et agissent de concert avec la machinerie de réplication de l’ADN de l’hôte. E1 agit à la fois comme une protéine qui se fixe à l’ADN pour reconnaître l’origine virale et subséquemment comme hélicase pour dérouler l’ADN en amont de la fourche de réplication. Un modèle de l’assemblage de E1 à l’origine apparaît ci-dessous. Les études au plan structural et fonctionnel indiquent que E1 est une protéine modulaire composée d’un domaine enzymatique C-terminal ayant une activité ATPase/hélicase (en vert), d’un domaine central se liant de façon spécifique à l’ADN (en rouge) et d’un domaine régulateur N-terminal (n’apparaissant pas). E1 se fixe à l’ADN de façon spécifique. In vitro et in vivo, la liaison de E1 spécifiquement à l’origine est facilitée par son interaction avec E2 (en bleu), un facteur de transcription/ réplication qui se lie à certaines séquences de l'origine avec une haute affinité. La formation d’un complexe ternaire entre E1, E2, et l’origine sert de point d’ancrage pour l’assemblage d'un complexe E1 de plus grand taille, probablement un double-hexamère nécessaire pour le déroulage bidirectionnel de l'ADN. E1 interagit avec certains facteurs cellulaires de réplication, entre autre la polymérase alpha-primase et la protéine RPA, une protéine liant l’ADN simple brin, afin de promouvoir la réplication de l’ADN viral et venir faciliter l’ouverture du double brin.
Un modèle de l’assemblage d’un double-hexamère de E1 à l’origine de réplication de l’ADN viral (adapté de Titolo et al., 2003, J Virol.77 : 5178-5191)
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