Bio-informatique

Virginie Calderon

Responsable

La plateforme de bio-informatique vise à soutenir les chercheurs de l'IRCM et de la communauté scientifique externe dans l'analyse des données biologiques et cliniques, en particulier les données génomiques à haut débit. 

Services offerts

Analyses de données NGS:
- RNA-Seq : quantification des transcrits, analyse différentielle d’expression, analyse des variants d’épissage.
- RNA-seq de novo: assemblage des transcrits, annotation, analyse différentielle d'expression
- miRNA-seq : quantification des miRNA, analyse différentielle d’expression, analyse des cibles
- scRNA-seq / snATAC-seq +/- protéine de surface : clustering et annotation des populations, recherche de marqueurs, analyse de pseudotime 
- ChIP-seq : identification et annotation des pics, recherche de motifs connus ou de novo, analyse différentielle
- ATAC-seq : identification et annotation des régions accessibles, analyse différentielle d’accessibilité, recherche de motifs connus ou de novo
- Methyl-seq (WGBS, capture CpG, microarray) : quantification de la methylation, analyse différentielle (hyper ou hypo méthylé) 
- WGS : assemblage de génome de novo, identification et annotation des variants
- WES : identification et annotation des variants
- métagénomique (ciblé, shotgun) : identification des OTUs, analyse de la diversité, analyse différentielle des communautés, analyse fonctionnelle
- autres services : analyse CRISPR-Cas9, microarrays, analyses fonctionnelles, soumission de données GEO


Formations personnalisées : analyse de données NGS, introduction à linux / serveur de Calcul Canada / programmation R


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de bio-informatique

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