Vers une analyse quantitative des interactions ARN–protéine dans des cellules vivantes

(Titre traduit. Cette conférence aura lieu en anglais.)

Dmitry A. Kretov, PhD
Professeur adjoint
Département de biologie moléculaire, biochimie médicale et pathologie
Université Laval
Axe Oncologie
Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval

L'hôte de cette conférence est Martin Sauvageau, PhD . Cette conférence s’inscrit dans le calendrier 2026-2027 des conférences IRCM.

À propos de cette conférence
Les interactions ARN–protéine sont au cœur de la régulation post-transcriptionnelle de l’expression génique. Toutefois, leur mesure quantitative dans des cellules vivantes demeure un défi majeur. Les approches existantes reposent souvent sur la purification de l’ARN ou des protéines, le ‘crosslinking’ ou l’enrichissement par anticorps, ce qui rend difficile la mesure directe de la force des interactions et de leur spécificité en termes de séquence dans leur contexte cellulaire naturel. Au cours de cette présentation, je présenterai RBPscan, une approche génétiquement encodée que nous avons récemment développée pour l’analyse quantitative des interactions ARN–protéine dans des cellules vivantes. RBPscan couple une protéine de liaison à l’ARN à un éditeur d’ARN artificiel, permettant ainsi d’enregistrer les interactions protéine–ARN sous forme de changements de nucléotidiques au sein d’un ARN rapporteur. Cette approche permet de détecter les interactions ARN–protéine sans recourir au ‘crosslinking’ par rayons UV ni aux anticorps, et peut être utilisée aussi bien avec des cellules de mammifères que des embryons de poisson-zèbre. Je montrerai comment RBPscan peut être utilisé pour examiner systématiquement les déterminants de séquence et de structure de l’ARN impliqués dans la liaison des protéines, ainsi que pour générer des cartes quantitatives d’interaction à grande échelle à partir de vastes bibliothèques d’ARN. Je présenterai également des applications de RBPscan visant à mieux comprendre comment les interactions ARN–protéine influencent le destin des ARNm, notamment leur stabilité et leur traduction. Enfin, je discuterai de la manière par laquelle cette technologie pourrait fournir un cadre pour l’étude des interactions ARN–protéine dynamiques en réponse au stress cellulaire et dans des contextes pathologiques pertinents pour les maladies neurodégénératives. En résumé, je montrerai comment l’édition de l’ARN peut être utilisée comme un mécanisme d’enregistrement moléculaire afin de progresser vers des mesures quantitatives in vivo des interactions ARN–protéine et de mieux comprendre leur contribution à la régulation post-transcriptionnelle.

À propos de Dmitry A. Kretov
Le Dr Dmitry Kretov est directeur de recherche au sein de l’Axe Oncologie du Centre de recherche du CHU de Québec – Université Laval, où il a établi son laboratoire en janvier 2025. Il est également professeur adjoint sous octroi à l’Université Laval. Ses travaux de recherche portent sur la compréhension du rôle des protéines de liaison à l’ARN (RBP) et des microARN dans la régulation de la stabilité et de la traduction des ARNm au cours du développement et dans les maladies.

Originaire de Voronej, en Russie, le Dr Kretov a obtenu ses diplômes de baccalauréat et de maitrise avant de poursuivre un programme de doctorat en cotutelle entre l’Université Paris-Saclay, en France, et l’Institut de recherche sur les protéines, en Russie. Au cours de son doctorat, il a travaillé au sein des laboratoires du Dr David Pastre et du Dr Lev Ovchinnikov, où il a étudié les interactions entre les protéines de liaison à l’ARN et l’ARN à l’aide d’approches biochimiques et structurales, notamment la microscopie à force atomique (AFM) et la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire (RMN).

Dans le cadre de sa formation postdoctorale, le Dr Kretov s’est orienté vers des études in vivo et a rejoint le laboratoire nouvellement établi du Dr Daniel Cifuentes à l’Université de Boston. Il y a étudié la régulation de la biogenèse des microARN non canoniques et son rôle dans l’hématopoïèse, en utilisant le poisson-zèbre comme organisme modèle. Le Dr Kretov est également passionné par le développement de nouvelles technologies pour étudier la biologie de l’ARN. Les travaux qu’il a réalisés au cours de son postdoctorat ont culminé avec la mise au point de RBPscan, une nouvelle approche à haut débit permettant l’analyse quantitative des interactions ARN–protéine in vivo.

Depuis l’établissement de son laboratoire à l’Université Laval, le Dr Kretov a obtenu du financement de plusieurs organismes subventionnaires, notamment le CRSNG, la Société de recherche sur le cancer et le FRQS.
 

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